Se creía que la PTI era únicamente el resultado de la destrucción de plaquetas inducida por anticuerpos. Sin embargo, recientes evidencias indican que la fisiopatología también involucra otros mecanismos como la destrucción de plaquetas por medio de células T y la producción deficiente de plaquetas en la médula ósea.

 Pacientes con PTI pueden desarrollar anticuerpos adicionales en otros tejidos u órganos; siendo el más común la glándula tiroides. Alrededor del 40% de los pacientes tienen anticuerpos detectables dirigidos hacia el tejido tiroideo y casi un cuarto de los pacientes pueden desarrollar hipertiroidismo o hipotiroidismo sintomático o subclínico.